L'articolo 30 della Legge 395/1990 ha istituito il Dipartimento dell'Amministrazione Penitenziaria e ne ha fissato le competenze, così delineate:

• attuazione della politica dell'ordine e della sicurezza negli istituti e servizi penitenziari e del trattamento dei detenuti e degli internati, nonchè dei condannati ed internati ammessi a fruire delle misure alternative alla detenzione;
• coordinamento tecnico operativo, direzione ed amministrazione del personale e dei collaboratori esternidell'Amministrazione;
• direzione e gestione dei supporti tecnici, per le esigenze generali del Dipartimento.

I decreti delegati, previsti dalla riforma ed emanati nel 1992, hanno dato ufficialmente applicazione ai contenuti della legge di riforma.
      Il d.lgs del 30 luglio 1999, n.300, prevedeva un mutamento dell'assetto organizzativo dell'Amministrazione. Ciò è avvenuto con il d.lgs 21 maggio 2000, n.146, con D.M. 22 gennaio 2002 e, infine, con D.M. 27 settembre 2007 è stato disegnato l'attuale impianto strutturale del Dipartimento che è rappresentato nel seguente organigramma.